Впрочем, пренебрежение к героям «Первого класса» — меньшая из проблем фильма. Неприятности начинаются, когда пытаешься разобраться в его сюжете.
Сингер явно рассматривал «Апокалипсис» как возможность мягко перезапустить франшизу. «Дни минувшего будущего» уже «починили» расхождения в сюжетах фильмов и обнулили большую часть канона, а теперь режиссёр решил рассказать историю становления ключевых героев, заменив в их биографиях пару деталей. Для этой цели был приглашён Саймон Кинберг, к чьим заслугам можно отнести работу над «Днями минувшего будущего» и «Шерлоком Холмсом» Гая Ричи. Вот только на каждый успех у Саймона найдётся свой провал вроде «Последней битвы» или новой «Фантастической четвёрки». «Апокалипсис» ближе к последним, чем к первым. Сценарий получился очень неровным и распадается на множество слабо связанных сцен.
У нас есть Ксавье с его школой мутантов, которые учатся управлять способностями. Поскольку на этом далеко не уедешь, сюжету требовался плохиш, который нашёлся в лице древнего мутанта Апокалипсиса. На первый взгляд, Эн Саба Нур — идеальный противник для Людей Икс. Самый древний и сильный мутант на Земле, Апокалипсис в ответе за рождение и гибель многих цивилизаций, а теперь он хочет устроить Судный день и нашей.