В открывающей сценарий Хэмма сцене в гавань Нью-Йорка падает ракета с астронавтом-обезьяной. Пришельца случайно убивают, его кровь попадает в морскую воду, и через неё человечество заражается инопланетным вирусом. На Земле вспыхивает эпидемия болезни, убивающей новорождённых. В отчаянной попытке спасти наш вид группа учёных чинит инопланетный звездолёт и отправляется на нём к Альфе Центавра (оттуда прилетел корабль) искать лекарство от вируса.
На Альфе герои обнаруживают диких людей, лишённых дара речи, и обезьян, чьё общество в этом сценарии весьма развито — у них есть машины, вертолёты и даже реактивные ранцы. Астронавты попадают в плен, и один из них начинает говорить, шокируя горилл-солдат. Узнав об этом, орангутанг по имени Зайс убивает его и обезьян, ставших тому свидетелями. Второй астронавт становится жертвой лоботомии.
Двое уцелевших астронавтов, Александр Трой и Сьюзен Лэндис, понимают, что, едва они откроют рот, их ждёт та же участь, и потому прикидываются дикарями. Их вместе с остальными пленниками привозят в научный центр, который регулярно пикетирует местный аналог Greenpeace* — борцы за права людей. Помощники Зайса ищут других землян среди людей, содержащихся в центре. Понимая, что их разоблачат, Трой и Сьюзен открываются учёным-обезьянам Зоре и Корнелиусу. Те обещают спрятать героев в Запретной зоне. Однако вывезти удаётся лишь Сьюзен — Трою приходится бежать и скрываться среди дрессированных людей в цирке. Его привозят на телешоу, где люди на потеху публике подражают разумным обезьянам.
Шоу идёт в прямом эфире, и Трой пользуется моментом: сообщает всей планете, что он путешественник с другого мира, которому нужна помощь братьев по разуму. Он мгновенно становится знаменитостью и кумиром молодёжи, вдохновлённой его рассказами о земной демократии. Троя водят на приёмы, берут у него интервью и открывают фонд по сбору средств на его миссию. Но герой понимает, что, как только шумиха уляжется, Зайс обязательно с ним покончит.
Через Зору Трой поддерживает связь со Сьюзен, которая исследует в Запретной зоне ДНК местных людей и выясняет, что они далёкие предки землян. Некогда на Альфе Центавра существовала высокоразвитая человеческая цивилизация, которая погибла из-за неудачного медицинского эксперимента. Эволюционировавшие орангутанги завладели её технологиями и, не желая ими делиться, объявили руины древних городов Запретной зоной. Из земных телепередач они узнали, что на другой планете есть ещё одна людская цивилизация, и отправили на Землю вирус, чтобы обезопасить себя от возвращения Homo Sapiens. Героям удаётся разработать вирус, который убивает только орангутангов, захватить с его помощью космический корабль и вылететь обратно на Землю.
Радость героев продолжается недолго. Вернувшись, они обнаруживают, что Земля превратилась в копию Альфы Центавра — человечество вымерло, и в покинутых городах хозяйничают приматы. В финальных кадрах мы видим Статую Свободы, которой приделали лицо ухмыляющейся обезьяны.