Не прибавляют ясности и иллюстрации. По первому впечатлению манускрипт представляет собой обычный для XV века «настольный справочник» травника, врача, астролога и алхимика. Его страницы покрыты изображениями растений и созвездий, чертежами, схемами, графиками. Но лишь некоторые из растений с трудом удалось идентифицировать, большинство же рисунков поставили ботаников в тупик. Эти растения или выдуманные, или «составные» (например, цветок взят от одного растения, стебель от другого, а листья от третьего). Да и многие созвездия, изображённые в манускрипте, нельзя увидеть на нашем небе. Единственные узнаваемые символы в манускрипте (не считая рисунков обнажённых женщин) — знаки Зодиака, в точности такие, какими их изображали в Европе XV-XVI веков. Только вот год, по мнению автора, продолжается 360, а не 365 суток. О какой астрологии может идти речь, если используется другой календарь?
Попытки решить проблему с ходу, объявив рукопись зашифрованным дневником Роджера Бэкона, не достигли успеха. Наука не в силах объяснить, каким образом британский учёный мог стать автором книги, появившейся через полтора века после его смерти, и каким образом авторство Бэкона объясняет странности манускрипта. Позже выдвигалось ещё несколько гипотез, приписывающих рукопись перу известных в Средние века алхимиков, в том числе Якобу Хорчицки, Иоганну Маркусу Марци, Рафаэлю Мнишовски. Наиболее стойкая версия — это версия о Хорчицки, личном враче императора Рудольфа II, поскольку фамилия Хорчицки встречается в более старых надписях на бумаге манускрипта (многие его листы — палимпсесты, то есть бумага вторичного использования). Но с таким же успехом неизвестный автор мог взять что-то подписанное Хорчицки, вывести старый текст — и писать свой странный манускрипт.
Рационального объяснения рукопись Войнича не имеет. Можно предположить, что некий выходец из Азии, принадлежавший к племени, не имевшему письменности и не сохранившемуся до наших дней (поэтому его язык не значится ни в числе живых, ни в числе мёртвых), попал в Европу и много лет спустя написал справочник с помощью специально для этой цели изобретённого алфавита. Но почему он не воспользовался латиницей? Почему рисовал несуществующие растения и созвездия? Зачем вообще писал, зная, что его тщательно оформленный труд никто не сможет прочитать? Нет ответа.
Ещё немного о мистификациях