«Мальчик и птица» — одновременно и типичный мультфильм Миядзаки, и весьма нестандартный. На первый взгляд, у нас тут хорошо знакомая завязка — главный герой приезжает в провинцию и там соприкасается с волшебным миром. Отличие же в том, что обычно у мира духов есть чёткая структура и правила (место в общей системе мира, наконец!), а сюжет довольно прямолинеен. Здесь же ни зритель, ни герои не могут понять, что из происходящего реально. События развиваются, как это модно говорить, по логике сна, а правила то обозначаются задним числом, то не формулируются и не объясняются вовсе. Персонажи и события вплывают в повествование, чтобы плавно трансформироваться: птица становится злобным карликом, старушка — энергичной молодой женщиной, а спасательная операция — нарушением древнего табу.
В то же время всё это переплетение нереального и невозможного образует вполне стройную сюжетную арку главного героя. Махито первоначально отправляется на поиски матери, но постепенно всё больше увлекается другим глобальным квестом — спасением мачехи. Той самой, которую он в начале истории отказывается принимать, как отказывается и отпустить родную мать, раз за разом проживая её гибель. Махито в начале ленты предельно замкнут в себе, отдалён от родных и зол: и на отца, и на мачеху, и на их будущего ребёнка. Мачеха вообще в начале мультфильма нарисована таким образом, что в ней можно заподозрить скрытую злодейку. Ведь так её хочет видеть мальчик, он ищет причины ненавидеть её и ощущать её ненависть. Так проще, чем признать, что мама умерла и нужно жить с этим. Что жить дальше — это не предательство.