Исследования флогистона продолжались более столетия, и небезуспешно. Удалось установить, что эта форма материи служит лишь носителем тепла, свет же имеет особую природу. Так что флогистон переименовали в теплород. К концу XVIII века стали ясны и механизмы взаимодействия флогистона с газами. Кислород, вступая в реакцию с горючими (содержащими флогистон) веществами, вытягивал из них материю огня. Углекислота же теплороду выходить не давала, и горение прекращалось.
Михаил Ломоносов, впрочем, считал эти рассуждения глупостью, объясняя теплоту движением образующих материю молекул. Но долгое время его точка зрения отвергалась научным сообществом. Лишь в 1787 году, когда Антуан Лавуазье, пытаясь в ходе эксперимента выделить чистый флогистон, открыл водород, молекулярная гипотеза восторжествовала.
Эфир же обосновался в физике всерьёз и надолго. Ещё в начале XVII века Декарт пришёл к выводу о волновой сущности света. А для распространения волн требуется упругая среда. Декарту оппонировали учёные, полагавшие, что как материя, так и свет состоят из мельчайших частиц — «молекул» или «корпускул». В конце XVII века вопрос всё ещё был дискуссионным: Христиан Гюйгенс и Роберт Гук привели весомые доводы в пользу правоты Декарта, Ньютон же отмечал, что свет не огибает препятствия, а распространяется прямолинейно, как и подобает потоку корпускул. Но в 1800 году Томас Юнг, как тогда казалось, забил последний гвоздь в гроб корпускулярной гипотезы, показав на примере интерференции свойства света, объяснимые лишь с «волновых» позиций.
В XIX веке изучение электромагнетизма, а затем и изобретение беспроводного телеграфа — радио — лишь укрепляли всеобщую уверенность в реальности эфира. Но неспособность учёных сказать что-либо о природе «пятого элемента» начала казаться странной даже им самим. Упругая среда должна состоять из колеблющихся частиц… Каких? Почему эфир не препятствует движению космических тел? Почему не поглощает энергию излучений? И если уж сама среда неуловима, то и распространяющиеся в ней волны не должны оказывать влияния на материю. Свет же явно оказывал — его можно было заметить невооружённым глазом!