Такая мораль оказалась не очень близка мексиканскому режиссёру. Центральной темой мультфильма он сделал отношения отца и сына. Но в отличие от сказки Коллоди, где отец предстает идеализированной фигурой, дель Торо очеловечивает Джеппетто. У резчика по дереву появляется личная трагедия, связанная с потерей жены и сына, и не соответствующие образу идеального отца черты и привычки вроде алкоголизма. Он не сразу принимает Пиноккио, срывает на нём злость и не всегда оказывается способен его защитить.
А Пиноккио больше не воплощение детской порочности, которую необходимо искоренить. Да, он может шалить и дерзить, капризничать и обманывать. Но всё это лишь проявления детской непосредственности и несформированности (
неотёсанности). Сердце у деревянного мальчика изначально доброе, он очень любит отца и жаждет заслужить его одобрение.
Режиссёр показывает отношения детей и родителей как взаимозависимые: не только ребенок учится у взрослого тому, что такое хорошо и что такое плохо, но и взрослый благодаря ребёнку развивается и растёт над собой. Дополнительно тема отцов и детей подчёркивается с помощью пар второстепенных персонажей: Фитиля и его жестокого отца Подесты, обезьянки Спаццатуры и третирующего его графа Вольпе, глядя на которого, русские зрители непременно вспомнят Карабаса Барабаса.