А вот кооперативный режим, в отличие от онлайна, странный. Если набрать четыре человека, которые просто несутся вперёд, то всё превращается в безумную кашу из эффектов, что, конечно, весело, но непонятно, насколько. А вот проходить уровни вдумчиво уже гораздо сложнее, ведь камера следит только за одним персонажем-лидером. Из-за этого тем, у кого навык игры лучше развит, приходится постоянно останавливаться и ждать своего напарника, а если тот оказался за краем экрана, то он превратится в призрака и сразу телепортируется к другому игроку. Так что не весело ни тем, ни другим: ты либо стоишь и ждёшь, либо умираешь и как будто не играешь вовсе. Вероятно, разделение экрана было бы куда лучшим решением.
Обилие новшеств объяснили очень легко: действие игры проходит не в привычном Грибном королевстве, а в Цветочном, очень удобно расположившимся по соседству. Марио и компанию туда занесло на удивление буднично и без какого-либо драматизма. Никаких погонь, перелётов, вырванных с корнем замков или внезапных телепортов: водопроводчики и принцессы Грибного королевства просто решили нанести дружеский визит Принцу Флориану, который решил показать им некий чудо-цветок. Естественно, церемония была обречена на трагедию, ведь там, где Марио и Пич, всегда есть Боузер. Этот парень себе не изменяет: пышет огнем, злобно смеётся и трогает то, что трогать нежелательно. В этот раз Боузер смешал свою ДНК с ни много ни мало целым замком, превратившись в огромную летающую крепость. Испуская едкий дым, он переоборудовал домики местных жителей в тюрьмы и завис над Цветочным королевством, подготавливая некое коварное и зловещее «чудо». Естественно, нам предстоит разрушить его планы, собрать чудо-семена и всех спасти.