Согласно сюжету игры, боевое братство жаб, как и сама серия, двадцать шесть лет провело в бункере, где счастливо существовало в виртуальной симуляции прежних героических подвигов. Выйдя на белый свет, Зитц, Пимпл и Раш, к огромному своему разочарованию, обнаруживают, что они больше никому не нужны и почти не известны. В попытке вернуть прежнюю славу они решают отыскать свою главную противницу — Тёмную Королеву. Встреча с ней и дальнейшие приключения — предмет одного большого и неожиданно приятного спойлера.
Несмотря на брюзжание фанатов, изругавших новую Battletoads ещё на стадии первых показов, именно история и стилистика относятся к её несомненным достоинствам. Преисполненный самоиронии и постмодерна сценарий, подаваемый через диалоги и прекрасно нарисованные анимационные ролики в духе «Рика и Морти», можно критиковать исключительно с позиций вкусовщины. Новый тон, красочный и мультяшный, хоть и идёт вразрез с более мрачной и лаконичной стилистикой оригинала, но зато идеально подходит современному переосмыслению, которое будет понятно и прежним поклонникам боевых жаб, и новым игрокам.