Картина основана на книге «Маленькая ведьма» Мэри Стюарт. Сюжет разворачивается вокруг 10-летней девочки Мэри, которая находит в лесу волшебный цветок и отправляется в школу волшебства.
Режиссёром мультфильма выступил Хиромаса Ёнэбаяси, снявший последнюю полнометражку Ghibli «Воспоминания о Марни». А до того он был аниматором под началом Миядзаки и работал с ним над «Принцессой мононокэ», «Унесёнными призраками» и «Ходячим замком». В Ghibli раньше работал и глава студии «учеников» Ёсиаки Нисимура.
«Мэри и цветок ведьмы» выйдет и в российском прокате — 1 марта 2018 года.